研究所成立于1978年，1983年经原中华人民共和国林业部批准挂牌成立西北濒危动物研究所，是我国西北地区和陕西省主要从事野生动物保护研究的综合性科研机构。
研究所是以动物学基础研究和濒危动物保护为主的公益型科研机构，共设有9个研究中心：秦岭大熊猫保护研究中心、灵长类保护与利用研究中心、野生动物保护与生物多样性监测评估中心、自然保护地和湿地动物监测(分子)研究中心、鸟类多样性监测与保护研究中心、有害动物监测与防控研究中心、昆虫多样性及害虫防控研究中心、水生动物养殖与保护研究中心、林麝保育创新技术研究中心。研究所拥有陕西省秦岭生态安全重点实验室（依托单位）、陕西省秦岭珍稀濒危动物保育重点实验室、陕西省科学院秦岭珍稀动物野外研究基地、陕西省科学院林麝野外科学研究基地、陕西省科学院有害生物综合防控野外科学研究基地、陕西省动物研究所秦巴山区珍稀水生动物科学研究基地、陕西省动物研究所牛尾河野外生态研究基地等。所内设有秦岭动物物标本馆，收藏有各类野生动物标本5万余号，为西北地区野生动物的基础研究提供资料依据。
研究所立足陕西，面向西部，解决政府部门及相关企事业单位在野生动物保护和生态文明建设中的技术需求，围绕生物多样性保护、药用动物资源保护与利用、有害生物绿色防控与野生动物疫源疫病防控三个重点研究方向开展技术攻关。建所以来，共承担省部级各类科学研究项目和国际合作目500余项。开展了大熊猫、金丝猴、羚牛、朱鹮、林麝、藏羚羊、白唇鹿、盘羊、大鲵、褐马鸡等野生动物动物保护与研究工作；与美、英、日等国家联合开展了雪豹、羚牛、金丝猴、白唇鹿、藏羚羊、大鲵等全球性公益类合作研究项目。截止目前，我所职工共获得国家级科研成果奖5项、省部级科研成果70余项，发表各类学术论文2000余篇，出版专著50余部，获发明专利余10项。为陕西省公益类事业管理部门提供野生动物保护、调查、监测等各类研究资料信息，为生物多样性保护提供了决策依据和科学支撑。
