中国科学院水利部水土保持研究所成立于1956年，是中国科学院在西北地区建立的第一个科研机构。
1987年由中国科学院和水利部双重管理，1995年经国家批准确定现所名。1998年被中国科学院列入国家知识创新工程首批试点单位。1999年根据国务院文件，与杨凌其它6个科教单位合并组建“西北农林科技大学”。2001年中国科学院与教育部联合共建“水土保持与生态环境研究中心”，作为知识创新工程试点单位继续纳入中国科学院研究机构序列。2023年7月，学校在水土保持研究所基础上整合资源环境学院水土保持系科教力量组建“水土保持科学与工程学院（水土保持研究所）”，简称“水保学院”。
水保学院以服务国家生态文明建设为主要任务，以建设世界一流的水土保持与荒漠化防治学学科为主要目标，重点围绕水土保持与荒漠化防治学、农业工程（农业水土工程方向）等领域开展人才培养工作；深度聚焦黄河流域生态保护和高质量发展、山水林田湖草沙一体化治理国家战略需求，努力建成科教深度融合的国际化高水平研究型学院。 设有黄土高原土壤侵蚀与旱地农业国家重点实验室、国家节水灌溉杨凌工程技术研究中心、水利部水土保持生态工程技术研究中心、区域水土保持与环境研究室、水土保持与荒漠化防治系和信息技术部等6个教学、科研和技术支撑单元。在黄土高原不同类型区，建有国家安塞水土保持综合试验站、国家长武黄土高原农业生态试验站、国家神木侵蚀与环境试验站、固原生态试验站（林草生态研究室）和杨凌水土保持野外科学试验站等野外站。建有人工降雨模拟大厅、人工模拟干旱大厅和人工模拟径流大厅等重要科研平台，形成了集基础研究、应用研究、试验示范、技术转移转化、决策服务于一体的水土保持科研体系。同时设有党政办公室、科技办公室、人事和保障办公室、研究生部、本科教学办公室、学生工作办公室等管理服务单元。
水保学院以“团结、敬业、求实、创新”为院风，凝练出以“厚重朴实、协力攻关、求实创新、无私奉献”为内涵的“黄土精神”，形成了良好的创新文化氛围，为创新跨越、持续发展奠定了良好的基础。
